Поиск по форме нашёл «супертёмный» белок, который связывает клетки

Учёные искали родственников известных белков не по последовательности, а по трёхмерной форме. Они сверили с образцом около 214 млн предсказанных моделей AlphaFold2, взяв за эталон родопсин — классический GPCR, — и нашли два семейства человеческих белков, которые сами назвали «супертёмными»: почти не изученными и без явного сходства по последовательности с уже описанными. Работа вышла в Nature 9 сентября.

Основное внимание — белку TM184C, самому распространённому и эволюционно консервативному из кандидатов. Ведёт он себя нетипично: сидит не на поверхности клетки, как положено рецептору, а на внутренних пузырьках. Те бегут по микротрубочкам, скапливаются в выростах и помогают строить мостики между соседними клетками, через которые те обмениваются органеллами; сам белок при этом сдерживает аутофагию. С G-белками признаков связывания не нашли, зато TM184C привлекает β-аррестин и киназы GRK, которые его фосфорилируют, — это ближе к атипичным рецепторам, работающим через аррестин. Без C-концевого хвоста мостики и выросты перестают образовываться.

Древность механизма проверили на дрожжах: их белок Hfl1 — родственник TM184C, и без него нарушается работа вакуолей, аналогов лизосом. Человеческий TM184C этот дефект исправлял, а его родственники TM184A и TM184B — нет: структура и функция белка очень древние. Смысл работы шире одного белка — поиск по форме вытаскивает из «тёмной» части протеома то, что по одной лишь последовательности не нашлось бы. Пока речь о лабораторных наблюдениях и предсказанных структурах.

Изображение: Luyu9927 CC BY 4.0 · Лицензия

Редактор перевода: Ловушкин А.